Sur le site de l’inflammation, les granulocytes et les macrophages participent à l’élimination des agents infectieux grâce au processus de phagocytose : l’agent infectieux est intégré par la cellule phagocytaire puis détruit par des substances toxiques. Certaines sont également produites par des insectes ou des plantes. L’immunité innée repose donc sur des mécanismes d’action conservés au cours de l’évolution. Lorsque les mécanismes de l’immunité innée ne suffisent pas à éliminer un agent infectieux, les cellules dendritiques, digèrent partiellement cet agent, migrent vers un ganglion lymphatique. Elles emportent avec elles des fragments de protéines de l’agent infectieux associés à des molécules présentes sur leur membrane : les molécules du CMH. Dans le ganglion lymphatique, les cellules dendritiques initieront une nouvelle phase de la réponse immunitaire : la réponse adaptative, impliquant la production d’anticorps spécifiques de l’agent infectieux.